Muzejska udruga Istočne Hrvatske svoje korijene pronalazi u godini 1951., kada je osnovana Slavonskoj podružnica Društva službenika i suradnika muzeja, galerija i konzervatorskih zavoda Museion u NR Hrvatskoj.
Od 1974. Udruga djeluje unutar Saveza muzejskih društava Hrvatske kao Podružnica za Slavoniju.
Već od te godine se javlja potreba formiranja Muzejskog društva Slavonije i Baranje budući da postoje pravni problemi oko registriranja udruge s podružnicama.
Od 1991. djelovanje središnje udruge u Hrvatskoj je reducirano, dok je u Slavoniji i Baranji potpuno onemogućeno ratom.
Godine 1997. osniva se Muzejska udruga Istočne Hrvatske kao samostalno strukovno udruženje.